Bem-vindo ao blog do Laboratório de Bioinformática Estrutural (LaBiE) da ULBRA

Laboratório vinculado ao Curso de Química e ao Programa de Pós-Graduação em Genética e Toxicologia Aplicada (PPGGTA) da Universidade Luterana do Brasil (Ulbra)
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quarta-feira, 27 de maio de 2009

Genoma do camundongo tem mais diferenças com o genoma humano do que se estimava

Agência FAPESP – O camundongo (Mus musculus) é o principal modelo animal usado como base para a pesquisa de doenças que atingem o homem, mas até onde vão as semelhanças entre os dois organismos?

Para um grupo internacional de pesquisadores, o melhor entendimento da biologia do camundongo somente seria possível a partir da disponibilidade do genoma completo do roedor. E é justamente isso que acaba de ser concluído.

Em artigo publicado na PLoS Biology, cientistas que compõem o Consórcio para Sequenciamento do Genoma do Camundongo descrevem o sequenciamento e comparam o genoma resultante com o humano. Segundo o estudo, há mais diferenças genéticas do que se imaginava.

Essas grandes diferenças, apontam os pesquisadores, refletem muitas das particularidades que distinguem as duas espécies. Um quinto dos genes do camundongo é composto de cópias novas que surgiram nos últimos 90 milhões de anos.

“Nosso retrato do genoma do camundongo até então estava incompleto. Quando conseguimos juntar todas as peças que faltavam no quebra-cabeça percebemos que estávamos deixando de lado um grande número de genes encontrados apenas no camundongo, e não em humanos”, disse Leo Goodstadt, da Universidade de Oxford, no Reino Unido, um dos autores do estudo.

Do outro lado, o estudo verificou que homem e camundongo têm em comum cerca de 80% de seus genes e a identificação de tais genes amplia diretamente a capacidade de empregar alvos específicos e mais adequados para o estudo de doenças humanas.

O sequenciamento permite distinguir exatamente como separar a biologia humana da biologia do camundongo. Ao preencher as lacunas deixadas por versões anteriores do genoma do roedor da família dos murídeos, os pesquisadores do consórcio conseguiram identificar muitos genes até então desconhecidos.

Na comparação com o mais recente esboço do sequenciamento que foi publicado, o genoma completo apresenta 1.1259 genes que são específicos do camundongo – não compartilhados com o homem.

Segundo o estudo, muitos dos genes agora descobertos estão evoluindo em velocidade absolutamente inusitada, provavelmente como resultado de uma espécie de combate evolucionário entre o camundongo e suas células reprodutivas.

“O grande esforço coletivo para completar o sequenciamento valeu a pena. A partir de agora, as novas descobertas que serão feitas permitirão deixar de lado equívocos que vínhamos cometendo e revelar muitos segredos da biologia do camundongo”, disse Deanna Church, dos Institutos Nacionais de Saúde dos Estados Unidos, outra autora da pesquisa.

O artigo Lineage-specific biology revealed by a finished genome assembly of the mouse, de Celia Garcia e outros, pode ser lido em http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.1000112.

terça-feira, 26 de maio de 2009

Mapeamento premiado

Agência FAPESP – A brasileira Helena Lage Ferreira foi premiada pelo melhor trabalho apresentado na categoria Jovem Cientista do 7º Simpósio Internacional em Influenza Aviária, realizado em abril na Universidade da Geórgia, nos Estados Unidos.

Helena é pesquisadora assistente do Centro de Estudo e Pesquisa em Veterinária e Agroquímica, na Bélgica, laboratório de referência para diagnóstico de influenza aviária na União Europeia.

No simpósio ela apresentou o pôster Evidência de uma rápida mudança no epitopo dominante da proteína hemaglutinina do vírus da gripe aviária (H5N1) de origem asiática, resultado de seu trabalho de pós-doutorado desenvolvido na Europa.

O trabalho deu continuidade à tese de doutorado defendida no Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular do Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), com bolsa da FAPESP. O estudo descreve o mapeamento de mutações na proteína hemaglutinina dos vírus influenza H5N1, que tem alta patogenicidade e foi registrado inicialmente em Hong Kong, em 1997.

Os vírus influenza são compostos por RNA, um envelope viral derivado da célula hospedeira e dez proteínas virais, sendo classificados em tipos A, B ou C de acordo com as diferenças antigênicas de duas proteínas internas: a nucleoproteína (NP) e a proteína matriz (M1).

“Os vírus influenza A são encontrados em aves e mamíferos e sua subtipagem é baseada em duas proteínas encontradas no envelope viral, a hemaglutinina (HA) e a neuraminidase (NA). Atualmente, existem 16 subtipos diferentes de HA – do H1 ao H16 – e nove subtipos de NA – do N1 a N9 – e todos esses subtipos são encontrados em aves”, disse Helena à Agência FAPESP.

Os vírus influenza A em aves variam de acordo com a capacidade de infectar e causar doenças nesses hospedeiros. “Por isso, podem ser classificados como de baixa patogenicidade ou alta patogenicidade. A gripe aviária é provocada pelos vírus influenza aviários de alta patogenicidade de subtipos H5 ou H7”, explicou.

A hemaglutinina é a proteína responsável pela adesão do vírus e pelo seu primeiro contato com a célula, além de ser o principal alvo dos anticorpos de defesa, enquanto a neuraminidase faz com que o vírus penetre e se replique na célula.

Helena explica ainda que os vírus influenza H5N1 apresentam grande variação antigênica e são divididos em 10 clados (grupos), de 0 a 9, de acordo com a análise filogenética da hemaglutinina, sendo que apenas os vírus de dois clados têm sido capazes de infectar pessoas (1 e 2).

Sequências analisadas

A pesquisadora produziu anticorpos monoclonais H5 específicos e selecionou variantes virais capazes de “escapar” da neutralização desses anticorpos.

“São específicos para a proteína HA H5 dos vírus do clado 1. Esses anticorpos foram misturados com os vírus para selecionar populações virais capazes de ‘escapar’ da neutralização. Após sucessivas passagens virais na presença dos anticorpos, duas populações foram selecionadas e suas hemaglutininas foram sequenciadas”, disse.

Segundo Helena, as sequências obtidas foram analisadas para identificar os aminoácidos responsáveis pela resistência à neutralização aos anticorpos e comparadas com diversas sequências do clado 1 e 2 dos vírus H5N1. “A estrutura tridimensional da hemaglutinina por homologia também foi determinada e as mutações das variantes foram mapeadas”, contou.

De acordo com os resultados das análises, foi possível detectar um aminoácido na hemaglutinina que pode ser considerado como um dos epitopos dominantes dos vírus H5N1 – epitopo é a região da proteína viral reconhecida pelos anticorpos.

“Além disso, os vírus do clado 2 foram originados a partir dos vírus do clado 1 por meio da pressão de seleção nesse epitopo. Esse aminoácido também interage com o sítio de ligação do vírus com os receptores celulares e está em constante evolução”, destacou.

Segundo Helena, o mapeamento das mutações na hemaglutinina é importante para monitorar as variantes virais que possam gerar os vírus dominantes e possivelmente pandêmicos.

“Nosso estudo conseguiu detectar uma região importante para a origem de novas variantes virais dos vírus H5N1. Com isso, entendemos um pouco mais sobre a evolução desses vírus”, afirmou.

Tendo aparecido pela primeira vez em Hong Kong na década de 1990, os vírus influenza H5N1 de alta patogenicidade reemergiram em 2003 e atualmente são endêmicos em regiões do Leste e do Sudeste Asiático, provocando surtos em diversas regiões da Ásia central, Europa e África. “O H5N1 já provocou mais de 6,6 mil surtos em aves domésticas e a morte de 258 pessoas nessas regiões”, disse.

O trabalho premiado teve apoio do Escritório de Política Científica Federal da Bélgica, agência de fomento à pesquisa do país europeu.

segunda-feira, 25 de maio de 2009

Oportunidade de PD em genômica

Agência FAPESP – O Projeto Temático “Identificação da sequência de promotores e motivos regulatórios de cana-de-açúcar”, apoiado pela FAPESP, está com vaga aberta para bolsa de pós-doutorado.

Com atuação na área de genômica, o selecionado atuará em projeto de sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar – Identificação da sequência de promotores e motivos regulatórios de cana-de-açúcar.

A coordenadora do projeto é Glaucia Mendes Souza, professora do Instituto de Química da Universidade de São Paulo (USP) e coordenadora do Programa FAPESP de Pesquisa em Bioenergia (BIOEN).

Os candidatos devem ter experiência sólida em biologia molecular e interesse em trabalhar com tecnologias de sequenciamento de última geração (Roche 454). Candidatos com alguma experiência em bioinformática são desejáveis.

Para ler o resumo do projeto de pesquisa, clique aqui.

O valor da Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP é de R$ 4.508,10.

Para maiores informações, contatar a professora Glaucia (glmsouza@iq.usp.br).

Outras vagas de bolsas de pós-doutorado, em diversas áreas do conhecimento, estão no site FAPESP-Oportunidades, em www.oportunidades.fapesp.br

sexta-feira, 22 de maio de 2009

O que há no próximo número da Nature Reviews: Drug Discovery

Therapeutic targets to reduce cardiovascular disease in type 2 diabetes
This Perspective considers the implications of recent regulatory guidance on the development of new drugs for diabetes and discusses the potential cardiovascular effects of selected classes of diabetes drugs.


Targeting DNA topoisomerase II in cancer chemotherapy
Recent molecular studies could help refine targeting of topoisomerase II as an effective anticancer strategy.


Adjuvant IL-7 antagonizes multiple cellular and molecular inhibitory networks to enhance immunotherapies
Adjuvant interleukin-7 (IL-7) improves antitumor responses and survival in a mouse model in which an antitumor response can be elicited through viral vaccination.


A new screening assay for allosteric inhibitors of cSrc
A direct binding assay detects small molecules that stabilize the inactive conformation of the tyrosine kinase cSrc.

link para os artigos

quinta-feira, 21 de maio de 2009

Biologia de tumores embrionários

Por Jussara Mangini

Agência FAPESP – Tumores embrionários são neoplasias originárias de células primordiais que sofreram mutações espontâneas e não decorrentes de mutações adquiridas por ações ambientais, como ocorre com a maior parte das neoplasias de adultos.

Entre os tumores embrionários mais comuns, os nefroblastomas ou tumores de Wilms (TW) foram o foco de pesquisa de Dirce Maria Carraro, coordenadora do Laboratório de Genômica e Biologia Molecular do Hospital A.C Camargo, em São Paulo. O trabalho teve apoio da FAPESP na modalidade Auxílio a Pesquisa.

Antes de dar início ao estudo, ela estava interessada em identificar mecanismos comuns entre embriogênese – processo de formação e desenvolvimento do embrião – e aparecimento de tumores. Na literatura disponível descobriu que o tumor de Wilms é um modelo muito apropriado para esse tipo de pesquisa.

“O tumor recapitula o rim fetal, ou seja, apresenta as mesmas fases de desenvolvimento do rim fetal. Seus três componentes – blastoma, epitélio e estroma – também estão presentes no rim fetal”, explicou.

Estudos moleculares de tumores embrionários, sob a perspectiva do desenvolvimento de seu órgão correspondente, permitem inferir eventos moleculares comuns e importantes nos dois processos, contribuindo para a compreensão biológica do desenvolvimento do tumor e de seu comportamento clínico.

No século 19, cientistas começaram a sugerir semelhança entre a embriogênese humana e a morfologia desses tumores. Mais recentemente, a recapitulação do desenvolvimento do rim pelo TW foi evidenciada, também pelos aspectos moleculares.

O tumor de Wilms não apresenta sintomas. O diagnóstico se dá por palpação durante consulta rotineira. É mais comum entre o segundo e o terceiro ano de vida. Entre os tumores renais é o mais frequente e equivale de 5% a 10% dos tumores infantis. Tem 80% de cura, mas pode apresentar efeitos colaterais tardios da quimioterapia.

Erro de sinalização

O grupo coordenado por Dirce decidiu comparar cada componente do TW, separadamente, com o desenvolvimento do rim, usando amostras de tumores retiradas do Banco de Tumores do Departamento de Patologia do Hospital A.C. Camargo.

A comparação foi feita com uso de uma metodologia que permite a avaliação da expressão de milhares de genes imobilizados em uma plataforma sólida chamada de microarray.

“Descobrimos que, diferentemente de outros estudos, não era o tumor, como um todo, que era semelhante aos primeiros estágios do órgão e, sim, o blastema. Por isso, esse estudo sugere que o blastema tem os eventos moleculares mais importantes que levam ao aparecimento do tumor”, disse.

Durante as análises foi identificada uma assinatura gênica, cujo padrão de expressão classificava tumores, rins fetais e maduros. “Nessa assinatura, vimos que havia uma maior representação de genes pertencentes a uma via gênica de sinalização chamada via de sinalização WNT. Percebemos, em várias análises, que a regulação da expressão de alguns dos genes dessa via WNT estava descontrolada no tumor de Wilms”, contou.

Via de sinalização é um sistema de comunicação composto por uma rede gênica que controla as respostas das células aos sinais do tecido em que se encontra. Essas vias são finamente reguladas para que ocorra a correta diferenciação das células durante o desenvolvimento embrionário.

Mutações e alterações de expressão de alguns genes que participam de vias de sinalização celular podem levar a uma interrupção ou erro de sinalização. Esse erro, por sua vez, pode resultar no impedimento da diferenciação celular correta, mecanismo que estaria relacionado à origem dos tumores embrionários.

“Decidimos analisar todos os genes da via WNT e de outras vias de sinalização que interagem com a WNT, no tumor e em vários estágios de desenvolvimento do rim, de forma muito mais refinada. E, também, estudar as células do blastema no TW e a diferenciação das células blastematosas do rim, nos vários estágios da diferenciação”, disse.

A análise, além de comprovar essa correlação dos dois processos, identificou genes envolvidos no mecanismo que dá origem aos nefroblastomas, utilizando abordagem diferenciada de estudos realizados até o momento.

Investigação refinada

Como o grupo não podia usar fetos humanos, por questões éticas, analisou quatro estágios do desenvolvimento do rim de camundongos, a partir de amostras de partes dos órgãos dos animais. Também foram usadas amostras de células blastematosas de tumores de Wilms cedidas pelo Children’s Oncology Group, nos Estados Unidos.

A partir daí, o grupo fez uma série de análises, exclusivamente com células de blastema dissecadas a laser, observando os estágios de diferenciação do rim em camundongo e comparando tumor de Wilms com rim maduro humano.

Para isso, foi desenvolvida uma plataforma de microarray na qual os trechos dos genes imobilizados apresentavam alta similaridade entre os genes ortólogos humanos e ortólogos de camundongo para possibilitar a utilização das células dos dois tipos de organismos.

“Essa lâmina foi construída somente para representar os estágios de diferenciação do rim em camundongo, de forma que pudéssemos confiar nos dados gerados”, explicou a pesquisadora do Hospital A.C. Camargo.

Na etapa seguinte foi identificado um grupo de genes das vias de sinalização correguladas no tumor e no rim, nos primeiros estágios de diferenciação. Para isso, foram selecionados os genes que aumentavam durante o desenvolvimento do rim e eram pouco expressos no tumor; e que aumentavam durante o desenvolvimento e eram muito expressos no TW em relação ao rim maduro.

Segundo o estudo, esse grupo de genes representa alterações moleculares precoces no tumor, cuja mudança na expressão possivelmente cria uma situação permissiva para o aparecimento do tumor. Dos 18 genes identificados, seis já passaram por validação técnica – por metodologia mais sensível que confirmou os resultados. Proteínas codificadas por esses seis genes em rins fetais de várias idades e no tumor mostram a recapitulação dos primeiros estágios de rim no tumor.

Em continuidade ao projeto, os pesquisadores pretendem submeter os demais genes à mesma validação. Segundo Dirce Carraro, todos os genes identificados são fortes candidatos a dirigir o surgimento do nefroblastoma, um deles apontado também por outros estudos que utilizaram metodologias diferentes de análise.

Parte desses resultados foi publicada em 2008 na revista Oncology. “Acreditamos que, ao apontar eventos moleculares comuns aos dois processos, estamos identificando eventos precoces e, portanto, mais determinantes para o aparecimento do tumor, o que será importante, futuramente, para pesquisas aplicadas com objetivos terapêuticos”, ressaltou.

quarta-feira, 20 de maio de 2009

Novo papel do príon

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – Sabe-se que a proteína príon celular (PrPC), altamente expressa na superfície das células do sistema nervoso, tem papel importante no amadurecimento e na formação dos prolongamentos dos neurônios, além de protegê-los da morte celular programada – a apoptose. Ela também modula a resposta do sistema imunológico às inflamações e há evidências de que proteja as células neuronais contra a isquemia, ou falta de oxigênio.

Um novo estudo feito por pesquisadores brasileiros sugere que a expressão da PrPC também pode modular a agressividade de células tumorais. O trabalho, coordenado pela professora Vilma Regina Martins, do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, foi publicado na edição on-line da revista International Journal of Cancer.

Resultado do Projeto Temático “Papel da proteína príon celular em processos fisiológicos e patológicos”, apoiado pela FAPESP e coordenado por Vilma, o estudo teve a participação de Angelita Muras e Glaucia Hajj, também do Instituto Ludwig, de Karina Ribeiro e Regina Nomizo, do Hospital A.C. Camargo, de Sueli Nonogaki, do Instituto Adolfo Lutz, e de Roger Chammas, da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (USP).

De acordo com Vilma, graças à contribuição do Temático – que está em fase de conclusão e é o segundo coordenado por ela sobre o tema –, a PrPC começa cada vez mais a aparecer na literatura científica não apenas pela importância nas doenças neurodegenerativas causadas por príons, mas também por sua relevância biológica.

“Nossos dados mostram que a PrPC modula a expressão e a ativação de outras proteínas – como as integrinas – e que sua ausência em células tumorais pode resultar em um fenótipo mais agressivo. Os resultados indicam que a PrPC pode ter implicações importantes na formação de metástases”, disse à Agência FAPESP.

O grupo, segundo a pesquisadora, estudou o papel da PrPC na modulação de um processo tumoral utilizando culturas de células e modelos animais. Células mesenquimais de camundongos – que não continham a PrPC – foram transformadas para desenvolver tumores. Sobre essas células transformadas, o grupo pôde testar o papel da proteína.

“Transformamos células que não possuíam a proteína príon em células tumorais. Com isso, elas se tornaram particularmente agressivas e, quando injetadas na veia caudal dos animais, formaram colônias pulmonares. Não se trata de uma metástase, mas de uma característica experimental típica de uma célula agressiva”, explicou.

O estudo indica que a falta da PrPC na célula leva à ativação de outras proteínas que, por sua vez, tornam o tumor mais agressivo. “Em um neurônio normal, por exemplo, a proteína príon tem o papel de preservar a capacidade de a célula formar axônios e conexões. Mas em uma célula tumoral, as modificações ocasionadas pela ausência da PrPC levaram a uma maior agressividade do tumor”, disse.

Mecanismo de compensação

Quando foram criadas as primeiras linhagens de animais que não produziam a PrPC, há cerca de 25 anos, não houve alteração aparente em seus organismos. “Naquela época havia duas hipóteses: ou a proteína não apresentava uma função relevante no sistema, ou tinha uma função tão importante que precisava ser redundante – isto é, alguma outra proteína exercia sua ação para compensar uma função que tivesse sido desativada”, disse Vilma.

Há cerca de dois anos, um artigo produzido pelo grupo brasileiro demonstrou que os neurônios com PrPC tinham a mesma capacidade de produzir axônios que as células semelhantes, mas desprovidas da proteína. Os cientistas descobriram que isso ocorria porque existia um mecanismo compensatório.

“Naquele artigo, mostramos que as células que não possuem PrPC têm maior atividade de outra proteína, uma integrina. Com isso, explicamos pela primeira vez por que não há grandes alterações quando se avalia os animais desprovidos da PrPC. No entanto, sabemos que as integrinas também são muito importantes para a regulação do processo tumoral”, afirmou.

Quando usaram um fibroblasto – célula do tecido conjuntivo – de um animal sem PrPC e o transformaram em célula tumoral, os cientistas viram que a presença de uma integrina mais ativada fazia o tumor ficar mais agressivo. “Isso indica que a PrPC é uma proteína regulatória que, ao ser retirada do sistema, altera a atividade de outras proteínas como as integrinas.Essa alteração pode contribuir para a agressividade das células tumorais”, destacou.

Segundo a pesquisadora do Instituto Ludwig, os estudos sobre o papel de proteínas em tumores deverão ter continuidade. Um dos objetivos será avaliar se existem tumores específicos que têm a expressão ou a quantidade de PrPC aumentada ou diminuída. Expressar mais ou menos PrPC pode indicar que a célula é mais ou menos agressiva.

“Queremos estudar exatamente como a presença da PrPC pode modular o processo tumoral. Essa modulação pode ter um comportamento diferente em outros tipos celulares. A proteína tem, por exemplo, atividade em células de tumores do sistema nervoso, como glioblastomas, regulando sua proliferação”, afirmou Vilma.



O artigo Prion protein ablation increases cellular aggregation and embolization contributing to mechanisms of metastasis, de Vilma Regina Martins e outros, pode ser lido por assinantes do International Journal of Cancer em www3.interscience.wiley.com/journal/122253781/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0.

segunda-feira, 18 de maio de 2009

Terapia gênica protege macacos do vírus da Aids

Já que o titular não funciona, a gente cria um reserva. É essa a filosofia de uma nova técnica de combate ao vírus da Aids desenvolvida por cientistas americanos. Sem poderem contar com a defesa natural do corpo, arrasada pelo HIV, eles usaram as células dos músculos para produzirem anticorpos contra o parasita. O truque deu certo --pelo menos em macacos.

A abordagem foi criada pelo grupo de Philip Johnson, da Escola de Medicina da Universidade da Pensilvânia. Seus resultados foram publicados ontem no periódico científico "Nature Medicine".

Johnson e seus colegas conseguiram transformar células musculares de nove macacos em fábricas de anticorpos eficazes contra o SIV, o vírus da imunodeficiência símia. Todos foram protegidos contra a Aids, e seis deles tiveram proteção total contra a infecção.

Isso não quer dizer que uma vacina contra a Aids esteja próxima, afirmou Johnson. Anos de pesquisa podem ser necessários antes que o novo conceito seja testado em humanos.

No entanto, o trabalho "mostra que há uma luz no fim do túnel", nas palavras de Beatrice Hahn, estudiosa da Aids da Universidade do Alabama (EUA). "Isso mostra que pensar fora da caixa é uma boa ideia", afirmou a cientista, que não participou do estudo.

Uma luz no fim do túnel já é um grande avanço para uma área de pesquisas que só vê frustrações desde 1983, quando o HIV foi isolado.

Centenas de vacinas já foram testadas em animais. Duas chegaram a testes com humanos em grande escala. Todas foram um fiasco tão grande que um dos pioneiros da área, David Baltimore, chegou a dizer que não havia esperança.

Isso porque o HIV é extremamente mutante e ataca justamente as célula encarregadas da produção de anticorpos.

É aqui que entra a estratégia de Johnson e colegas, que usa artilharia pesada --engenharia genética-- e criatividade.

Já que não podem contar com o trabalho do sistema imune, os pesquisadores deram um jeito de transferir a função de produzir anticorpos a outras células, as musculares.

E, já que é virtualmente impossível estimular as defesas do corpo a produzirem naturalmente anticorpos contra as inúmeras versões do vírus, o grupo americano resolveu bolar os próprios anticorpos.

Por engenharia genética, eles construíram uma série de moléculas chamadas imunoadesinas, que combinam parte de uma proteína que se liga às células e parte de um anticorpo.

Três tipos diferentes dessas "quimeras" foram então empacotados em vírus adenoassociados, que, por sua vez, foram injetados diretamente nos músculos dos macacos.

Quatro semanas depois, os animais foram infectados com o SIV. Seis outros não receberam a vacina e adoeceram após a infecção --quatro deles tiveram Aids tão grave que precisaram ser mortos. Apenas três dos nove que tomaram a vacina contraíram o vírus.

"Há alguns anos eu concluí que o HIV era diferente de todos os outros vírus e que abordagens tradicionais não dariam certo", disse Johnson. O grupo quer iniciar testes em humanos nos próximos anos.

sexta-feira, 15 de maio de 2009

Geral - Questão de qualidade

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – A ciência brasileira ganhou mais visibilidade global: o número de revistas científicas nacionais indexadas na base de dados internacional Web of Science-ISI (WoS) aumentou 205% entre 2002 e 2008.

A razão do aumento, de acordo com especialistas em cientometria e com a empresa Thomson Reuters, responsável pela WoS, é o crescimento do interesse mundial pela pesquisa científica brasileira, considerada de alta qualidade.

Esse aumento da presença brasileira na base WoS não significa que a produção científica nacional tenha crescido no mesmo percentual. Segundo pesquisadores da área de cientometria, ouvidos pela Agência FAPESP, a declaração do ministro da Educação Fernando Haddad de que teria ocorrido no Brasil um aumento de 56% no número de artigos publicados em apenas um ano (de 2007 a 2008), o que seria inédito no país e no mundo, não se justifica.

Segundo José Claudio Santos, gerente regional da Thomson Scientific para a América do Sul, desde 2006 a empresa tem procurado agregar à base de dados uma maior quantidade de conteúdos da região. Com a inclusão de novos periódicos, a presença brasileira na base aumentou 56% de 2007 para 2008.

“A comunidade internacional estava cobrando isso, porque estão sendo divulgadas continuamente notícias sobre a excelente qualidade da produção científica brasileira, especialmente nas áreas de energias alternativas, agricultura e ciências sociais. Havia demanda por um conjunto de dados que não tínhamos na base e começamos a indexar informação”, disse Santos à Agência FAPESP.

"O que aumentou foi a presença latino-americana na base de dados e o Brasil liderou esse processo de crescimento, o que é excelente. Mas isso não ocorreu devido aos investimentos do governo em ciência, como foi dito. Os investimentos continuam baixos. A razão maior foi que nos dois últimos anos foram indexadas novas revistas”, disse Rogerio Meneghini, coordenador científico do programa Scientific Electronic Library Online (SciELO), criado em 1997 por meio de uma parceria entre a FAPESP e o Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (Bireme).

Segundo Meneghini, além da nova orientação da Thomson para englobar países em desenvolvimento, a empresa tem concentrado o foco em áreas temáticas como mudanças climáticas, biodiversidade, saúde pública e algumas disciplinas das ciências sociais. “O Brasil estava bem em todas essas áreas e, por conta disso, acabou se destacando entre os outros países do continente que ganharam mais espaço na WoS”, explicou.

Em artigo publicado no jornal Folha de S. Paulo de 12 de maio, Meneghini desmentiu a versão que atribuía aos investimentos federais um suposto aumento na produção científica. Para ele, é possível que o governo tenha se equivocado ao deparar com os dados da WoS.

“Os dados sobre o aumento da indexação de periódicos brasileiros na WoS não estão disponíveis na internet. Eu os obtive à parte. Quando o governo alardeou os números como se fossem fruto de seus investimentos, logo percebi o equívoco. Acredito, supondo boa fé, que eles tenham se empolgado com os ótimos números e assim chegaram a conclusões erradas”, afirmou um dos principais especialistas brasileiros em cientometria.

Meneghini destaca que mais investimentos públicos nas revistas científicas brasileiras poderiam aumentar ainda mais a visibilidade da ciência nacional.

“Seria preciso criar certas políticas. Não basta investir dezenas de milhões de dólares anualmente para manter um portal que dá aos cursos de pós-graduação acesso às revistas nacionais – embora esse seja um produto importante. É preciso também investir nas revistas nacionais, o que não é feito”, afirmou.

De acordo com Santos, os critérios da Thomson para a indexação de revistas impressas e eletrônicas permanecem os mesmos. "Só são indexadas na base as revistas que obedecem a cinco critérios básicos: habilidade de publicar e distribuir a tempo; uso de convenções internacionais para a parte editorial; publicação preferencial em inglês; conteúdo editorial – como resumos e palavras-chave – também em inglês; e diversidade internacional”, explicou o responsável pela área comercial, editorial e de estudos bibliométricos da Thomson no continente.

O aumento da participação latino-americana na base WoS, segundo Santos, foi de 154% entre 2002 e 2008. “Em 2002, tínhamos 63 revistas do continente indexadas. Fechamos 2008 com 160, sendo 64 delas revistas brasileiras. De todos os países – Brasil, México, Chile, Argentina e Colômbia –, o Brasil foi o que mais teve aumento no número de indexações: 205%.”

Conclusões distorcidas

Para Leandro Innocentini Lopes de Faria, professor do Departamento de Ciência da Informação do Centro de Educação e Ciências Humanas da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar), independentemente da maneira como foi divulgado, o aumento da presença brasileira na WoS é animador – com a nova situação, o país passa da 15ª para a 13ª posição entre os países com mais artigos publicados na base de dados.

“A maneira de divulgar é que foi um tanto estranha, já que o suposto crescimento da produção científica era artificial, provocado pelo aumento do número de periódicos. Mas a boa notícia é que a ciência brasileira ganhou mais espaço”, afirmou o professor.

Lopes de Faria é autor de estudo com base na WoS e no Portal Periódicos da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), que será publicado na próxima edição dos Indicadores de Ciência, Tecnologia e Inovação em São Paulo, da FAPESP.

“Nos indicadores que criamos, analisamos a produção científica considerando que a base de dados utilizada tem uma coleção constante. Se o universo de revistas é o mesmo, podemos calcular o crescimento da produção científica a partir dali. Entretanto, a partir do momento em que a WoS aumenta o número de revistas indexadas, não se pode mais comparar com o ano anterior, ou as conclusões ficariam obviamente distorcidas”, afirmou.

Segundo Lopes de Faria, o banco de dados da WoS vinha sendo frequentemente utilizado para a produção de indicadores justamente por manter uma coleção constante de revistas. Em contrapartida, o ponto negativo da base era o fato de que esse conjunto, embora estável, tinha pouca representação de revistas brasileiras.

“A falta de periódicos brasileiros era muito criticada e agora está havendo um ajuste, deixando o conjunto mais representativo. Mas se trata de um momento de mudança, o que inviabiliza análises conclusivas neste momento. A base só poderá ser usada agora para avaliar o crescimento da produção científica dentro de alguns anos, a não ser que a WoS faça uma inclusão retroativa das edições das novas revistas indexadas que foram publicadas nos últimos anos”, explicou.

Importância do SciELO

Segundo Abel Packer, diretor da Bireme e um dos idealizadores do SciELO, ao lado de Meneghini, a melhora na qualidade dos periódicos nacionais foi decisiva para o aumento de sua presença na WoS.

“Embora tenham ampliado os critérios, eles não os relaxaram. O fato é que há uma grande melhora nos periódicos, que vem sendo explicitada pelo SciELO. Com isso, ficou impossível para os organismos internacionais ignorar a ciência que vem sendo feita no Brasil”, afirmou.

Para Packer, o programa apoiado pela FAPESP teve um papel proativo no registro de um aumento das publicações científicas latino-americanas. “O SciELO demonstrou que temos um conjunto significativo de periódicos de qualidade que merece indexação internacional. Temos contribuído para dar às revistas brasileiras maior visibilidade nacional e internacional, o que se reflete em um número grande e crescente de downloads de artigos nas coleções SciELO, além do aumento do número de citações, que reflete o impacto dessa produção científica”, disse.

Ao longo do desenvolvimento da coleção SciELO, uma série de periódicos atingiu um número de fator de impacto maior que 1, algo então inédito no país. Isso se deveu, segundo Packer, à constante avaliação crítica feita pelo programa em sua seleção de artigos, cuja consequência é uma melhora de qualidade gradual dos periódicos.

“Gostaria de fazer uma crítica aos índices internacionais como a WoS, que sempre olharam nossos periódicos como produtos de segunda categoria. Chamávamos há muito tempo a atenção para que nossas revistas tivessem uma cobertura mais ampla devido à sua qualidade. Finalmente obtivemos sucesso, mas essa mudança chegou bem tarde”, destacou.

Mais qualidade

Para a cientometrista Jacqueline Leta, professora do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), a notícia de que o Brasil agora passa a ser o 13º país do mundo com mais artigos publicados na WoS deve ser comemorada.

“É uma excelente notícia. O que é ruim é a forma como foram apresentadas as causas desse crescimento – ele foi causado muito mais pela inserção de mais periódicos na base WoS do que por um aumento das publicações. A Capes tem grandes méritos, mas não fez nada sozinha”, disse.

Essa indexação de novos periódicos brasileiros, segundo ela, foi resultado de uma grande negociação e muitas articulações feitas entre a Thomson e a comunidade científica brasileira.

“Houve todo um processo editorial que levou à melhora em todos os quesitos das revistas, desde a submissão até a publicação. Tudo isso garantiu a esse periódicos uma avaliação melhor. Se não tivessem qualidade, também não entrariam na base”, apontou.

Segundo Jacqueline, é preciso ressaltar que as bases como a WoS têm limites de catalogação de periódicos. Por isso seus organizadores restringem a indexação às revistas com maior reconhecimento mundial. “As bases fazem um recorte na literatura científica mundial. Não haveria capacidade técnica ou econômica para incluir todos os periódicos do mundo”, explicou.

Os periódicos dos Estados Unidos, segundo Jacqueline, tradicionalmente dominam as bases de dados da WoS. “Se pensarmos em termos demográficos, talvez a China tenha o maior número de periódicos do mundo, mas não está representada de forma tão concentrada como outros países de grande tradição científica. Por isso, a produção científica de um país não é necessariamente proporcional ao número de artigos publicados na base. Os números precisam sempre ser entendidos levando-se em conta a dimensão da base”, disse.

quinta-feira, 14 de maio de 2009

Exame genético determina dose de medicamento para cada paciente

Instituto da USP desenvolve 1.º teste do tipo no País; medida reduz efeito adverso e melhora eficácia do tratamento

Alexandre Gonçalves escreve para “O Estado de SP”:

O Instituto de Psiquiatria da Universidade de São Paulo (IPq-USP) desenvolveu um exame genético que ajuda a determinar a dose certa de medicamento para cada paciente. A velocidade com que o organismo processa ou elimina uma droga varia de pessoa para pessoa.

A diferença explica por que a mesma quantidade de remédio causa efeitos adversos em alguns indivíduos e pode ser ineficaz para outros.

O novo teste mostra a resposta do organismo de cada paciente a uma variedade de medicamentos - psicofármacos, analgésicos, remédios contra cardiopatias, câncer - e viabiliza o ajuste personalizado da prescrição. O exame avalia os genes responsáveis pela produção de duas enzimas do fígado: a CYP2D6 e a CYP2C19. Elas atuam no metabolismo de 75% dos medicamentos.

Tais genes não são iguais em todas as pessoas. Apresentam formas diferentes, conhecidas como alelos. Os pesquisadores do IPq identificam quais alelos estão presentes no genoma de cada paciente. Há uma associação direta entre o alelo encontrado e a resposta ao remédio.

Motivação

"A pesquisa começou com uma paciente que não melhorava com nada", recorda Wagner Gattaz, presidente do conselho do IPq e diretor do Laboratório de Neurociências, responsável pelo exame. Aos 10 anos, Talita (nome fictício) apresentou um quadro de transtorno obsessivo-compulsivo (TOC).

Durante sete anos, passou por sete consultórios diferentes e experimentou vários remédios. Nenhum funcionou. A família cogitou viajar aos Estados Unidos em busca de um tratamento eficaz. Antes, seguindo o conselho do infectologista David Uip, resolveu ouvir a opinião de Gattaz. O médico sabia da existência de um exame para medir a ação das duas enzimas nos Estados Unidos, mas enviar o material seria sempre uma alternativa cara e demorada. Resolveu desenvolver teste semelhante no Laboratório de Neurociências que dirige.

A coordenadora de genética do laboratório, Elida Benquique Ojopi, conduziu as pesquisas. Quando o exame ficou pronto, foi aplicado em Talita. Descobriu que ela é "metabolizadora ultrarrápida": seu organismo elimina o remédio antes de ele exercer o efeito terapêutico. Hoje, Talita toma uma dose 6 vezes maior do que a usual sem ter efeito colateral. Há três anos não apresenta sinal da doença. "Minha filha está na faculdade, tem vida normal e muitos amigos", conta a mãe de Talita. "Eu nunca prescreveria uma dose seis vezes maior sem o novo exame", diz Gattaz. "Seria muito arriscado."

O metabolismo de vários antidepressivos, por exemplo, depende das duas enzimas. Estima-se que a dosagem em 25% das prescrições receberia ajustes depois do exame genético.

No Brasil

Elida conta que médicos têm encaminhado pacientes para realizar o exame no instituto. Cerca de 250 pessoas utilizaram o serviço. Até agora, a ocorrência de alelos que não demandam correção na dosagem foi igual para os dois genes: cerca de 62% dos pacientes analisados.

Os demais casos requeriam prescrições individualizadas. "Exames como esse representam o início de uma nova fase no tratamento das pessoas - a medicina personalizada", afirma o diretor do Laboratório de Neurociências. Ele considera provável que, em um futuro próximo, as informações obtidas no teste sobre as duas enzimas farão parte do registro clínico de qualquer paciente, como hoje ocorre com outras informações como o tipo de sangue.

Nos Estados Unidos, três empresas realizam o exame, que custa, em média, R$ 1.900. O IPq cobra cerca de R$ 500 pelo teste, que não recebe cobertura do Sistema Único de Saúde (SUS). "O dinheiro é reinvestido em pesquisas do instituto", aponta Gattaz.
(O Estado de SP, 14/5)

Síntese primordial

“É conhecido que a evolução da vida passou por um estágio inicial no qual o RNA teve importância fundamental tanto na herança como na catálise – papéis que atualmente são executados pelo DNA e pelas enzimas, respectivamente. Mas de onde o RNA surgiu?”, pergunta Jack Szostak, do Instituto Médico Howard Hughes, nos Estados Unidos, em artigo na edição desta quinta-feira (14/5) da Nature

A dúvida tem intrigado cientistas há muito tempo e uma possível resposta acaba de ser dada por um grupo da Universidade de Manchester, no Reino Unido, na mesma edição da revista. O novo estudo resolve um antigo debate e amplia o conhecimento a respeito de como a vida surgiu na Terra.

Em algum ponto da evolução, uma molécula capaz de armazenar informação genética teria sido formada por meio de processos químicos. O principal candidato é o RNA, mas muitos pesquisadores têm questionado essa tese, com a ressalva de que uma molécula complexa como essa não poderia ter se formado espontaneamente.

O RNA (ácido ribonucleico) é formado por uma longa cadeia de nucleotídeos. Cada um desses “blocos de montar” é composto por três partes: base nitrogenada, ribose (tipo de açúcar) e ácido fosfórico. O RNA é parecido com o DNA em sua composição, mas difere em um ponto fundamental: enquanto o DNA é maior e tem a forma de uma fita dupla (em hélice), o RNA tem uma única fita.

A ideia mais aceita era que a base, o açúcar e o fosfato, originalmente, deveriam ter surgido em separado para, depois, terem se combinado e formado o ribonucleotídeo. Mas nenhuma reação química havia sido encontrada até agora para explicar como eles poderiam ter se reunido, o que levou muitos cientistas a questionar a teoria.

No novo estudo, John Sutherland e colegas mostram que mesmo uma molécula complexa como o RNA poderia sim ter se formado espontaneamente. O grupo aponta que, para alguns ribonucleotídeos, o açúcar e a base poderiam ter derivado de uma molécula precursora e comum a ambos. Ou seja, a estrutura completa do RNA pode ter surgido sem a ajuda de outras moléculas e bases como intermediários.

Os pesquisadores britânicos conseguiram demonstrar a síntese espontânea em laboratório. Trata-se da primeira demonstração química plausível de como o RNA poderia ter sido formado sem a ajuda de enzimas.

Segundo o estudo, todos os materiais usados na síntese estiveram presentes nos primórdios da vida na Terra e as condições de reações usadas foram consistentes com os modelos geoquímicos dos ambientes então existentes no planeta.

“O estudo cuidadoso, feito pelos autores, de cada reação relevante constitui um modelo de como desenvolver a compreensão química fundamental exigida para uma abordagem equilibrada da química prebiótica [antes do surgimento da vida]”, disse Szostak.

“Ao trabalhar a sequência de reações básicas, eles montaram o palco para investigações futuras a respeito dos cenários geoquímicos compatíveis com a origem da vida. Esse trabalho abre novas direções para pesquisa que permanecerão por anos como um dos grandes avanços na química prebiótica”, destacou.

O artigo Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions, de John Sutherland e outros, pode ser lido por assinantes da Nature em www.nature.com.

quarta-feira, 13 de maio de 2009

O mapa genético da hipertensão

Dois estudos internacionais identificaram 13 genes que influenciam a pressão sanguínea


Pessoas que sofrem de pressão alta estão mais perto de obter um tratamento eficaz para esse problema. Dois estudos internacionais identificaram 13 genes que influenciam a pressão sanguínea. Os dados são um primeiro passo rumo ao desenvolvimento de novos métodos e medicamentos para prevenir e tratar a hipertensão, que pode causar graves doenças cardiovasculares e até levar à morte.

As pesquisas, realizadas por dois consórcios internacionais – o Charge e o Global BPgen –, foram publicadas esta semana em dois artigos na Nature Genetics. Cada equipe identificou oito genes que afetam a pressão arterial, três dos quais aparecem em ambos os estudos.


A hipertensão é uma doença de grande incidência no mundo e, se não for controlada, pode gerar sérias complicações cardiovasculares e até levar à morte

Segundo o cardiologista Alexandre Pereira, do Instituto do Coração (InCor) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, essas são as primeiras pesquisas a identificar com sucesso genes relacionados à pressão sanguínea e à hipertensão. O geneticista Christopher Newton-Cheh, autor principal do artigo do Global BPgen, justifica: “É muito difícil encontrar variantes genéticas relacionadas à pressão sanguínea, porque os fatores que a influenciam vão desde a idade até os genéticos propriamente ditos.”

A pesquisa realizada pelo consórcio Charge reuniu seis estudos feitos anteriormente que mapearam o genoma de 29.136 indivíduos e coletaram dados sobre suas características físicas e comportamentais (fenótipo), como a pressão sanguínea. Os indivíduos avaliados eram descendentes de europeus e tinham entre 28 e 72 anos. Nessa primeira análise, os pesquisadores descobriram evidências de vários locais do genoma relacionados aos níveis de pressão sanguínea e à ocorrência de hipertensão.

Variações genéticas
Em uma segunda fase do estudo, os cientistas compararam suas conclusões com as do consórcio Global BPgen. Foram identificadas onze variações genéticas de oito genes: quatro relacionadas ao nível da pressão sanguínea sistólica (o valor mais alto obtido na medição da pressão), seis à pressão sanguínea diastólica (o valor mais baixo da medição) e uma à ocorrência de hipertensão.

O estudo conduzido pelo consórcio Global BPgen adotou abordagem semelhante, porém com um número maior de pessoas. A equipe avaliou inicialmente o genoma e as características fenotípicas de 34.433 descendentes de europeus e identificou 12 variantes genéticas relacionadas à pressão arterial.

Os cientistas do Global BPgen foram um pouco além e realizaram outra análise para confirmar os dados. Eles acompanharam as 12 variantes genéticas identificadas na primeira fase do estudo em 71 mil descendentes de europeus e em 12.300 descendentes de sul-asiáticos. Em seguida, também compararam seus resultados com os do consórcio Charge.

Após as três fases da pesquisa, a equipe apontou oito principais genes relacionados à pressão arterial. “Um desses genes contém uma enzima-chave na síntese de esteroides que poderia aumentar a retenção de sal no rim”, conta à CH On-line o médico Mark Caulfield, coautor do artigo. Com mais sal no rim, uma menor quantidade desse composto percorre a corrente sanguínea, o que diminui a pressão arterial.

Segundo Caulfield, também foram identificados genes que afetam o estreitamento dos vasos sanguíneos e a formação de coágulos. “No entanto, o mecanismo de ação de outros genes não está claro”, acrescenta o médico.

Efeitos modestos e relativos
Os autores ressaltam que cada variação genética identificada pelos estudos tem um efeito muito pequeno sobre a pressão sanguínea. “Mas, combinadas, as variações podem ter um efeito acumulativo sobre a pressão sanguínea, formando um quadro clinicamente relevante”, afirmam no artigo da Nature Genetics.

Christopher Newton-Cheh diz que agora é preciso descobrir como essas variações genéticas influenciam a pressão sanguínea e qual seria o impacto do aumento ou da diminuição da atividade desses genes sobre a pressão. “Também vamos juntar os consórcios Global BPgen e Charge para identificarmos mais genes”, acrescenta Caulfield.

Mas será que os resultados desses estudos podem ser aplicados no Brasil? Não integralmente, segundo Alexandre Pereira. O fato de os consórcios Charge e Global BPgen terem trabalhado majoritariamente com descendentes de europeus limita a aplicação das descobertas no nosso país.

“Como a população brasileira é miscigenada, as variações genéticas podem não ser as mesmas que as dos europeus”, explica o cardiologista. “É mais provável que tenhamos uma mistura de variantes europeias e africanas”, pondera Pereira, que ressalta a necessidade de se realizarem estudos específicos com pacientes brasileiros.


Isabela Fraga
Ciência Hoje On-line

Geral - Governo vai criar cotas para bolsas de pesquisa científica

EDUARDO SCOLESE
ANGELA PINHO
da Folha de S.Paulo, em Brasília
O governo federal irá instituir pela primeira vez cotas em bolsas de pesquisa. Num programa de iniciação científica, serão criadas 600 vagas exclusivas para alunos que ingressaram nas universidades públicas por meio de ações afirmativas, como cotas raciais (para alunos negros) e sociais (para estudantes oriundos de escola pública).

As novas vagas farão parte de uma linha do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica, o Pibic, que já oferece todo ano aproximadamente 20 mil bolsas no país.

O lançamento acontece hoje, data que marca os 121 anos da Abolição no Brasil. Será assinado um termo de cooperação entre a Secretaria da Igualdade Racial da Presidência e o CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico), ligado ao Ministério da Ciência e Tecnologia.

Assim como já ocorre nas demais linhas do Pibic, os beneficiários terão direito a R$ 300 mensais no período de um ano. O orçamento dessa linha é de R$ 2,1 milhões, sendo R$ 1,8 milhão em recursos do CNPq e o restante da Igualdade Racial. Normalmente, para obter a bolsa de iniciação científica, o candidato tem que estudar em alguma instituição credenciada no programa do CNPq.

A seleção dos estudantes é feita pela própria universidade, a partir de um projeto de pesquisa. A regra também valerá para quem pleitear uma vaga por meio da cota.

Projeto-piloto

A nova medida é tratada pelo governo federal como um projeto-piloto. Caso seja bem sucedida, a ideia é expandi-la em outras áreas. Na esfera federal, uma iniciativa parecida ocorre desde 2002 no Instituto Rio Branco, do Itamaraty, por meio de um programa de bolsas-prêmio para estimular o ingresso de afrodescendentes na carreira diplomática.

No caso da bolsa de iniciação científica, o objetivo é estimular universitários a virarem pesquisadores e tornar mais eficiente a pós-graduação, reduzindo o período de realização de um mestrado ou doutorado. Poderão aderir à nova linha as universidades públicas que já adotam políticas de ações afirmativas.

"Essa bolsa é um marco na manutenção de estudantes nas universidades. O nosso dilema não é apenas com a entrada, mas também com a permanência deles. Esses alunos [que ingressam por ações afirmativas] terão a chance de se interessar pela ciência", afirma Martvs da Chagas, subsecretário de Políticas de Ações Afirmativas da Secretaria da Igualdade Racial. O CNPq não soube informar quantos estudantes do Pibic hoje são negros ou entraram na universidade por meio de ações afirmativas.

Considerando todo o ensino superior do país, os números do IBGE mostram que os negros e pardos são 38% dos alunos de graduação, embora sejam metade da população, pela Pnad de 2007. No mestrado e no doutorado, que o governo quer incentivar, só um terço dos estudantes é negro.

terça-feira, 12 de maio de 2009

Geral - Químicos apresentam painel da pesquisa científica no país, discutem formação profissional e políticas do setor

32ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, em Fortaleza (CE), terá 150 apresentações e espera 2.800 participantes

Em meio ao clima positivo gerado pelos indicadores de crescimento da produção científica do país, a Sociedade Brasileira de Química (SBQ), realizará sua 32ª Reunião Anual, principal evento da comunidade de pesquisadores e docentes da área.

O encontro, de 30 de maio a 02 de junho, traz um amplo painel do que vem sendo feito pelos cientistas brasileiros no campo da química e de suas interfaces com outras disciplinas.

Com 150 apresentações programadas e a expectativa de participação de 2.800 profissionais, a 32ª Reunião abrange os campos da ciência básica, da pesquisa aplicada – alimentos, medicina, energia, meio ambiente – e trabalhos sobre ensino e formação profissional. É também o fórum para a discussão sobre políticas de ciência, tecnologia e inovação, este ano orientado pelo tema “Químicos para uma potência emergente”.

“O encontro acontece em um momento muito importante, quando aumentam os esforços para ampliarmos os processos de inovação no país e procura-se estreitar os laços entre a pesquisa da universidade e a atividade industrial”, observa a presidente da SBQ, Vanderlan Bolzani.

Essa preocupação está presente em vários pontos da programação que tratam da pesquisa aplicada. Entre eles nas Sessões Temáticas, inovação introduzida nesta edição do evento, onde serão abordados assuntos com visões complementares de áreas da química, como, por exemplo, as novas soluções para protetores solares; e nas Sessões Coordenadas, da qual fazem parte tópicos como alimentos e bebidas, produtos naturais e química medicinal.

Conferências plenárias

Este ano, a reunião oferece 16 Conferências Plenárias, ministradas por pesquisadores de destacada atuação em suas áreas de atividade, do Brasil e do exterior. Com a proposta de ampliar a internacionalização, o evento recebe palestrantes da Bélgica, Dinamarca, Espanha, Estados Unidos e Holanda.

Três conferências plenárias têm como foco, a partir do eixo central do encontro, a questão da formação dos químicos e dos docentes no cenário brasileiro atual. A reunião contempla, ao mesmo tempo, a avaliação do desenvolvimento recente da indústria química no Brasil, da qual participam representantes de entidades de classe da indústria, Abiquim e Abifina, e empresários.

O evento estimula a participação de alunos de iniciação científica através da concessão de auxílio para estadia, apoiando a apresentação dos trabalhos selecionados. A escolha de Fortaleza, pela terceira vez, para sediar a Reunião Anual obedece a uma política da SBQ que visa a descentralização das atividades e o aumento da participação dos profissionais das diferentes regiões do país.

Mais informações no site: http://www.sbq.org.br e pelo fone (11) 3031 2299.
(Informações da Assessoria de Comunicação da SBQ)

Genoma do boi busca retorno comercial mais rápido

RICARDO BONALUME NETO
da Folha de S.Paulo

A Fapesp (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo) está iniciando com bois um novo projeto de sequenciamento de genes, agora com uma mudança de enfoque que poderá levar ao retorno comercial do investimento de modo mais rápido. "É uma nova estratégia", diz o diretor científico da Fapesp, José Fernando Perez.

Em um projeto de 18 meses, que envolverá 20 laboratórios, só uma parte do genoma do boi será sequenciada. Ao mesmo tempo, será feita a análise das funções do material genético. Em outros projetos, a sequência era concluída antes do estudo funcional.

"Sequenciar" significa descobrir a ordem das "letras" químicas A, T, C e G do DNA (ácido desoxirribonucléico). A sequência deve servir de base ao estudo da função dos genes (unidades do código genético) mais ativos.

O projeto Genoma Funcional do Boi foi anunciado ontem em São Paulo. Tem custo de US$ 1 milhão, que será dividido entre a Fapesp e a Central Bela Vista Genética Bovina, empresa que lida com sêmen e embriões bovinos, sediada em Pardinho (234 km a oeste de São Paulo).

"Esse é o caminho", disse o governador do Estado, Geraldo Alckmin, comentando a parceria entre o Estado e uma empresa privada. "Também porque os recursos públicos não são ilimitados."

Patentes

O objetivo é, depois de 18 meses, ter informação suficiente para embasar pedidos de patente, segundo o coordenador do projeto, Luiz Coutinho, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, da USP, em Piracicaba (162 km a noroeste da capital paulista).

"Em seis a sete meses terminaremos o sequenciamento. Em mais um ano agregaremos informação sobre função. Mas, antes do final dos 18 meses, já pretendemos usar a informação em programas de melhoramento genético", afirma Coutinho.

O Brasil tem hoje o maior rebanho bovino do mundo (170 milhões de cabeças). Mas é apenas o terceiro maior exportador de carne, atrás da Austrália e dos EUA.

Apesar de a raça mais utilizada no país, a nelore, estar bem adaptada, o criador tem de gastar muito com insumos, como carrapaticidas. A descoberta de genes ligados à resistência a parasitas poderia economizar milhões de reais.

"A criação de gado no país tem vários gargalos a serem superados", afirma o presidente da Central Bela Vista, Jovelino Mineiro.
Os 20 laboratórios envolvidos no projeto representam aproximadamente um terço da rede estadual de sequenciamento Onsa (sigla em inglês para Organização para Sequenciamento e Análise de Nucleotídeos).

A rede foi criada em 1997 para realizar o primeiro sequenciamento de um organismo no Brasil, o da bactéria Xylella fastidiosa, causadora da doença do amarelinho nos laranjais. O artigo científico descrevendo a sequência, a primeira de um parasita de plantas, foi publicado na revista científica britânica "Nature" em 13 de julho de 2000.

Em seguida foram iniciados outros projetos de sequenciamento e a análise funcional do genoma da Xylella. Até agora, eles não resultaram em nenhum produto novo para o mercado.

sexta-feira, 8 de maio de 2009

Genes da metástase do câncer de mama são descobertos

Em artigo publicado na Nature, grupo internacional de pesquisadores descreve o papel importante de três genes no processo por meio do qual células tumorais invadem o cérebro

Três genes com papel importante na metástase do câncer de mama foram identificados por um grupo de cientistas dos Estados Unidos, Espanha e Holanda. Os genes medeiam o processo por meio do qual as células se espalham do local do tumor original para o cérebro.

O estudo, que ajuda a compreender melhor os mecanismos por meio do qual ocorre a metástase, teve seus resultados publicados nesta quarta-feira (6/5) na edição on-line da revista Nature. A metástase é responsável pela maior parte das mortes de câncer e ocorre quando células tumorais adquirem a capacidade de escapar de sua localização original e invadem tecidos saudáveis em outras partes do corpo.

De acordo com a pesquisa, os genes COX2 e HB-EGF, que induzem a mobilidade e a capacidade de invasão das células cancerosas, atuam como mediadores genéticos na metástase do câncer da mama ao cérebro.

Um terceiro gene, denominado ST6GALNAC5, fornece às células cancerosas a capacidade de sair da corrente sanguínea e ingressar no tecido cerebral.

“Nosso estudo destaca o papel que esses genes têm em determinar como as células de tumores na mama se libertam de onde estão e, uma vez em movimento, decidem que local atacar”, disse Joan Massagué, do Centro de Câncer Memorial Sloan-Kettering e do Instituto Médico Howard Hughes, nos Estados Unidos, um dos autores da pesquisa.

A metástase do câncer de mama ao cérebro ocorre tipicamente anos após a remoção do tumor, indicando que células cancerosas disseminadas inicialmente não contam com as funções especializadas necessárias para superar a barreira sangue-cérebro, a densa rede de capilares que protege o tecido cerebral. Essa barreira evita a entrada de células circulantes e regula o transporte de moléculas até o tecido cerebral.

Os pesquisadores isolaram células cancerosas em cérebros de pacientes com câncer avançado. Ao combinar diversos métodos, como perfil de expressão gênica, teste em modelos animais e análise de dados clínicos, os cientistas identificaram genes e funções que seletivamente medeiam a passagem das células invasoras pela barreira sangue-cérebro.

Os autores do estudo observaram que o gene ST6GALNAC5, uma enzima normalmente ativa apenas em tecido cerebral, provoca uma reação química que forma uma capa na superfície de células de câncer de mama. Essa proteção aumenta a capacidade de as células metastáticas vencerem a barreira dos capilares e invadirem o cérebro.

“Os resultados destacam o papel da cobertura da superfície celular como um participante importante, e até então ignorado, na metástase cerebral e abrem a possibilidade do desenvolvimento de drogas para interromper essas interações. Novos estudos são necessários para explorar o papel desses genes na metástase cerebral e seu potencial como alvo terapêutico”, disse Joan.

Os cientistas também destacam que o COX2 e o HB-EGF foram associados, em estudos anteriores, com a metástase do câncer de mama para o pulmão.

Isso, segundo eles, indica um compartilhamento dos mediadores genéticos para a migração de células cancerosas tanto para o cérebro como para o pulmão, o que ajudaria a explicar a associação de problemas nos dois órgãos em mulheres com câncer de mama.

O artigo Genes that mediate breast cancer metastasis to the brain, de Joan Massagué e outros, pode ser lido por assinantes da Nature em http://www.nature.com.
(Agência Fapesp, 7/5)

Geral - Periódico publica dois estudos plagiados na íntegra

Engenheiro copiou artigos de revista da Sociedade Brasileira de Química; autor de original vê "negligência" por parte dos editores

Rafael Garcia escreve para a “Folha de SP”:

Um caso de plágio envolvendo dois estudos publicados no periódico científico "Revista Analytica" surpreendeu os autores dos artigos originais. Publicados em 2007, os dois trabalhos eram cópias de artigos anteriores da primeira à última palavra, com alterações apenas nos títulos. A revista "Química Nova", da SBQ (Sociedade Brasileira de Química), que havia publicado os estudos originais, negocia agora uma forma de retratação (anulação) dos plágios.

Um dos artigos, um estudo que descrevia um novo método para controle de qualidade de cachaça, foi copiado do grupo do químico Ivo Küchler, professor da UFF (Universidade Federal Fluminense).

"Eu trabalho no meio universitário há muitos anos, e a gente sempre fica sabendo de casos em que alguém copiou um pedaço do trabalho do outro, ou copiou uma ideia. Mas copiar um artigo inteiro eu nunca tinha visto", disse Küchler à Folha. O cientista ficou sabendo do caso de plágio pela SBQ e disse que ligou para um diretor da "Revista Analytica" na tentativa de se informar melhor.

"Ele não quis nem conversar comigo", conta. "Falou que o problema não era dele e que eu teria de conversar com a pessoa que tinha assinado o artigo."

O autor principal do artigo que plagiou Küchler é o engenheiro químico Johnson Pontes de Moura, formado pela UFRN (Universidade Federal do Rio Grande do Norte). A Folha tenta contatá-lo desde anteontem por e-mail, telefone celular e fixo, mas não obteve sucesso. Moura também já se desligou da faculdade onde dava aula, em Aracruz (ES).

Milena Tutumi, editora da "Revista Analytica" disse à Folha que está em negociação com a SBQ para publicar uma retratação. “Cedi uma página da próxima edição”, diz. "Vamos dar um editorial explicando a posição da revista nesse caso e dando os devidos créditos aos autores verdadeiros." Além do artigo de Küchler, Moura plagiou um estudo sobre combustão de metano, do grupo de Ione Baibich, da UFRGS.

Em seu boletim informativo, a SBQ diz que vai dar "apoio aos autores reais em quaisquer ações jurídicas que venham a ser consideradas", mas afirma que a "Revista Analytica" também foi "vítima" no episódio. Küchler, porém, discorda.

"Acho que houve negligência dos editores", diz. "Se você pega as palavras-chave do meu artigo - cachaça, determinação de cobre, etc. - encontra na internet facilmente." Segundo a SBQ, esse procedimento não é comum em revistas científicas, mas "tem permeado discussões em fóruns internacionais".

quinta-feira, 7 de maio de 2009

Dicas para jovens cientistas da área biomédica terem sucesso

Questões sobre qual é o número adequado de publicações no doutorado, a escolha do tema do projeto e dos orientadores, dentre outras coisas, são discutidas no ensaio de Jonathan Yewdell, publicado em 2008 na Nature Reviews - Molecular Cell Biology (link).
Embora o texto tome como base a realidade americana, não deixa de ser interessante, podendo ser inserido, observadas as especificidades, no contexto brasileiro.

domingo, 3 de maio de 2009

Aplicações da Bioinformática Estrutural no campo da Química Medicinal: dos Genes aos Fármacos

Introdução

Segundo a União Internacional de Química Pura e Aplicada (IUPAC, nas iniciais em inglês) a Química Medicinal comporta a invenção, a descoberta, o planejamento, a identificação e a preparação de substâncias biologicamente ativas, a interpretação de seu modo de ação a nível molecular, o estudo de seu metabolismo, e o estabelecimento das relações estrutura-atividade. Ou seja, embora baseada na Química, a Química Medicinal também envolve aspectos da biologia, da medicina e das ciências farmacêuticas. No Brasil, ao contrário do que se observa em países desenvolvidos, a Química Medicinal caracteriza-se por ser uma área ainda pouco explorada. No contexto mundial, a importância da Química Medicinal fica evidenciada pela sua própria definição, descrita anteriormente, que pode ser simplificada para o seguinte: a Química Medicinal está diretamente envolvida com o planejamento e desenvolvimento de substâncias usadas no tratamento de doenças e, conseqüentemente, para a manutenção da vida e melhoria da qualidade de vida. Assim, é fato que muitos dos fármacos e medicamentos de que eventualmente necessitamos fazer uso foram desenvolvidos por químicos medicinais, geralmente trabalhando nos paises sedes das grandes indústrias farmacêuticas.

Tomando em consideração a relevância e o impacto da pesquisa em Química Medicinal, são discutidas neste artigo abordagens computacionais modernas empregadas neste importante ramo da Química, mais especificamente, aquelas envolvendo a modelagem molecular, a bioinformática e a biologia molecular estrutural.

Conforme van der Spoel et al. (2001), o termo modelagem molecular indica o processo de descrição de sistemas químicos complexos através de um modelo atômico realístico, cujo objetivo é entender e prever as propriedades macroscópicas de um determinado sistema. Isto envolve desde os modelos de papel utilizados por Linus Pauling em 1948 para entender a estrutura da alfa-queratina aos sofisticados programas computacionais empregados nos dias de hoje para o planejamento de fármacos. Com relação à bioinformática, uma definição ampla consiste a aplicação de ferramentas de computação para análise, captura e interpretação de dados biológicos. A bioinformática é uma área interdisciplinar envolvendo conceitos de computação, matemática, biologia, química, física e medicina (BAYAT, 2002). Embora utilizada bem antes dos grandes projetos genoma, foi somente a partir da década de 80, com o aprimoramento das técnicas de seqüenciamento de DNA e de novas tecnologias, que o termo bioinformática foi lançado como uma nova área do conhecimento científico. A relação da bioinformática com a Química foi evidenciada por um artigo publicado em janeiro de 2001 na C&EN (Chemical Engineering News), uma publicação da Socidedade Americana de Química (ACS, nas iniciais em inglês), intitulado The hottest job in town: opportunities abound in bioinformatics, but qualified candidates are hard to find ou, em português, “O emprego mais quente da cidade: oportunidades abundantes na bioinformática, mas candidatos qualificados são difíceis de achar”. O artigo cita várias atividades que um químico pode exercer no campo da bioinformática, incluindo o planejamento de fármacos, o qual envolve o estudo da interação entre moléculas complexas. Neste contexo, um dos grandes desafios da bioinformática surgiu a partir da chamada era pós-genômica, na qual a proteômica (estudo do conjunto de proteínas presentes numa célula) emergiu como uma área de fundamental importância para o estudo dos processos biológicos. Em decorrência dos avanços obtidos pela proteômica, as relações estrutura-função de proteínas estão sendo cada vez melhor entendidas. Isso decorre principalmente do rápido aumento no número de estruturas tridimensionais (3D) de macromoléculas biológicas (e.g. proteínas, fragmentos de DNA e RNA) disponíveis em bancos de dados de acesso livre como o Banco de Dados de Proteínas (PDB, nas iniciais em inglês), que representa o principal repositório de estrutura de macromoléculas biológicas (BERMAN et al., 2000). Neste caso, a determinação experimental da estrutura 3D de uma macromolécula biológica consiste no ramo de conhecimento científico conhecido como biologia molecular estrutural. Por sua vez, as particularidades envolvidas na análise estrutural das macromoléculas biológicas levou à criação de uma nova e recente área, conhecida como bioinformática estrutural (BIE) (CHOU, 2004).

A bioinformática estrutural nasceu justamente a partir da intersecção das três áreas anteriormente comentadas: modelagem molecular, bioinformática e biologia molecular estrutural. Embora métodos tradicionais de identificação funcional trabalhem somente com as seqüências de aminoácidos das proteínas (estrutura primária), se sabe que é a estrutura tridimensional de uma proteína, não simplesmente a sua seqüência, que determina a sua função e atividade. Quando a proteína se enovela, os resíduos de aminoácidos são orientados em suas posições corretas para a formação das regiões funcionais. Essas regiões funcionais são, na sua maioria, interfaces para ligação da proteína a moléculas. É bastante comum que proteínas de uma mesma família apresentem estrutura tridimensional conservada (semelhantes na forma), mesmo apresentando baixa similaridade na seqüência de aminoácidos. De fato, está bem estabelecido que as proteínas são mais parecidas na estrutura 3D do que na seqüência. Neste sentido, sabe-se que mais importante do que a porcentagem total de identidade (semelhança) entre as seqüências de aminoácidos de duas proteínas diferentes, é a identidade dos resíduos chave, responsáveis pela função. Assim, assumindo se as estruturas conservam a orientação tridimensional relativa desses resíduos, as proteínas possuem a mesma função.

A estrutura 3D de uma proteína pode ser obtida por métodos experimentais (e.g. cristalografia de raios-X e ressonância magnética nuclear - RMN) (TERWILLIGER, 2000) ou métodos computacionais como, por exemplo, modelagem por homologia (D’ALFONSO et al., 2001) e métodos ab initio (ORTIZ et al., 1998). Para se obter a estrutura 3D de uma proteína por métodos experimentais é necessário que, além do emprego de um método adequado de determinação estrutural, a macromolécula tenha sido previamente isolada, identificada e seqüenciada. Como conseqüência, os requisitos necessários para que a estrutura de uma proteína seja determinada experimentalmente requerem um custo econômico elevado e de tempo. Além disso, em alguns casos, a obtenção da estrutura 3D de uma proteína é inacessível a partir das metodologias conhecidas. Por outro lado, os métodos computacionais caracterizam-se pela rapidez e baixo custo na obtenção de estruturas de proteínas (XIANG, 2006). Neste sentido a bioinformática estrutural tem sido muito empregada na predição de modelos 3D de proteínas por modelagem por homologia, metodologia na qual o vasto e complexo conjunto de dados de cristalografia de raios-X e RMN é empregado (BURLEY et al., 1999).

Com a informação da estrutura, torna-se mais fácil e confiável atribuir a função de uma proteína desconhecida (WATSON et al., 2007). Além disso, quando a proteína representa um bom alvo farmacológico (para o tratamento de uma doença), o conhecimento da estrutura 3D pode ser empregado no planejamento de agentes terapêuticos mais seletivos e eficientes (LUNDSTROM, 2006). Neste sentido, o número crescente de estruturas 3D disponínveis nos bancos de dados estruturais tem sido empregada para análise ou criação de modelos de interação entre diferentes proteínas e seus substratos, ligantes ou inibidores, cujo principal objetivo é a aquisição de informações que contribuam para o planejamento de fármacos mais eficientes e menos tóxicos. Dados obtidos em junho de 2008 na página do PDB mostram que este banco de dados possui mais de 51.360 estruturas, sendo que os avanços tecnológicos e a emergência na determinação de estruturas promete manter uma alta taxa na aquisição desses dados (BLUNDELL & MIZUGUCHI, 2000).

Os tipos de análise estrutural que estão se tornando importantes incluem as chamadas simulações de docking (atracagem) de pequenas moléculas (ligantes) em alvos farmacológicos (proteínas, DNA, RNA) com o objetivo de predizer a afinidade. Uma anologia simples é considerar que o alvo farmacológico (receptor) é uma fechadura e, o ligante, uma chave. Neste caso, várias chaves (ligantes) são testadas computacionalmente para se verificar qual delas se encaixa melhor na fechadura (receptor). As simulações de docking envolvem o uso algoritmos capazes de posicionar e orientar pequenas moléculas, levando em consideração ou não a flexibilidade do ligante e receptor, em um sítio de ligação (KITCHEN et al., 2004). Além disso, muitos desses algoritmos são capazes de estimar com boa aproximação a energia livre do complexo receptor-ligante. Na fase de posicionamento podem ser empregados cálculos de energia simples (levando em conta as contribuições eletrostáticas e de van der Waals), ou procedimentos mais elaborados, que considerem outras propriedades, tais como, a entropia (KITCHEN et al., 2004). Assim, é possível estudar e classificar uma série de ligantes em termos de sua afinidade, ou ainda estimar a energia livre de ligação (FOSTER, 2002). Este procedimento é utilizado no chamado screening virtual, onde bancos de dados de ligantes são usados na busca automatizada por novas moléculas bioativas e para identificação de novos alvos terapêuticos (SILVEIRA, 2005). Além disso, em uma etapa posterior é possível simular o comportamento dinâmico do complexo receptor-ligante no ambiente fisiológico, considerando a presença de moléculas de água, o pH, a temperatura, a pressão e os íons, através da técnica conhecida como simulação de dinâmica molecular (van Gunsteren et al., 1995).

Em resumo, o aumento do número de seqüências e estruturas 3D de macromoléculas biológicas nos bancos de dados públicos vem fornecendo subsídios para a descoberta de novas moléculas terapêuticas através das diferentes abordagens da Química Medicinal. Por exemplo, a partir do genoma humano, cujos dados estão acessíveis online, é possível identificar o gene envolvido numa determinada doença, construir um modelo estrutural da proteína codificada por este gene e identificar/planejar uma molécula que se ligue a esta proteína com a afinidade necessária. Em vista destas observações, pode-se afirmar que as metodologias computacionais empregadas pela Química Medicinal surgem e se consolidam como uma área vital para o melhor entendimento das bases moleculares do reconhecimento dos fármacos por macromoléculas biológicas o que, por seu turno, representa uma importante contribuição para o desenvolvimento de fármacos personalizados (área conhecida como farmacogenética), mais eficientes e menos tóxicos. A despeito da pouca tradição, há perspectivas que a Química Medicinal ganhe mais importância no Brasil nos próximos anos. Esta impressão está baseada no fato de que o governo federal, através dos fundos setoriais e apoio do BNDES e FINEP, tem aplicado recursos consistentes no fomento à pesquisa no setor de fármacos. Embora sejam poucas as industrias farmacêuticas nacionais que investem de forma prática no desenvolvimento de fármacos novos, observa-se que várias universidades estão conseguindo firmar acordos com a iniciativa privada para pesquisa no setor de fármacos. Entre os principais motivos está a mão-de-obra qualificada concentrada nas universidades e, também, o potencial brasileiro (por conta de nossa biodiversidade) para o desenvolvimento e produção de medicamentos de origem natural.

Referências bibliográficas

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